Az első minőségellenőrzések és korlátozott tesztfázisok után a Folding@home csapata elindított egy kezdeti projekthullámot. Ez arra hivatott, hogy szimulálja a potenciálisan hatóanyaggal semlegesíthető, a SARS-CoV-2 (a COVID-19 betegség okozója) és a közeli SARS-CoV (amelyről már több szerkezeti adat áll rendelkezésre) vírusokból származtatott fehérjecélpontokat.
Mi is a Folding@home?
A Folding@home egy nemzetközi hálózat, amely a résztvevő számítógépeket összekötve gyorsítja meg a hatalmas számítási teljesítményt igénylő feladatok elvégzését. Ehhez bárki csatlakozhat a processzoruk és a videokártyájuk csatasorba állításával. Számos projektjük van, például többféle rák és a Parkinson-kór kutatására használják fel a felhasználóktól kölcsönkapott számítási kapacitást. A legújabb projekt azonban, amely prioritást is élvez, az új koronavírus kutatása. Ez főleg processzoridőt igényel, így az se csüggedjen, akinek erős processzora van, de gyengébb videokártyája. A cikk alján a forrásmegjelöléssel együtt egy linket szúrtunk be, amin keresztül letölthető a program.
A koronavírusra irányuló projekt először azt vizsgálja, hogy a vírusok hogyan lépnek interakcióba az emberi ACE2 receptorral, amely ahhoz szükséges, hogy a vírusok a gazdasejtekbe jussanak. Ha ezt sikerül feltárni, a kutatók talán képesek lesznek külön erre a célra megtervezett terápiás antitesteket vagy kis méretű molekulákat felhasználva megakadályozni a vírusok bejutását.
A következő napokban remélhetőleg sikerül kihasználni az új szerkezeti biológiai és biokémiai adatokat, amelyeket gyors ütemben publikálnak a világ kutatói, akik azon dolgoznak, hogy megértsék a vírusokat és a legyőzésük módszereit. A munkájuk terjesztését nagyon nagy mértékben segítik olyan szerverek, amelyekre fel lehet tölteni a kutatások eredményeit, még mielőtt tudományosan ellenőrzik azokat. Ilyen szerverek például a bioRxiv és a chemRxiv, amiket arra találtak ki, hogy a kutatók számára gyorsan elérhető és kiértékelhető legyen az adott kutatás, és így azonnal képesek legyenek alapozni rá. A projekt gazdái sok laboratóriummal kezdték meg együttműködésüket azt remélve, hogy a Folding@home értékes segítséget fog nyújtani a COVID-19 elleni küzdelemben.
Amellett, hogy a Folding@home szakemberei nagy ütemben teszik közzé a szimulációs adathalmazokat, hogy mások tudják használni vagy vizsgálni azokat, a céljuk az, hogy alternatív szerkezeteket és rejtett kötőhelyekettaláljanak a legígéretesebb szóba jövő gyógyszerekben, amelyeket csak szimulációban láthatóak, statikus röntgenfelvételeken nem. Azt remélik, hogy ezek a szerkezetek – miután az egyre tágabb összetétel-vizsgálat megerősítette őket – segíthetnek a virtuális vizsgálatokban vagy az új kötőhelyekcélbavételében, amelyekhez eddig nem volt atomi szintű szerkezeti információ. Az alábbi GitHub Repositoryban látható minden bemeneti fájl, hogy minden kutató felhasználhassa azokat. A következő napokban ez bővülni fog több projekttel és dokumentációval is, ezen felül amint használható adathalmazokkal és szerkezetekkel állnak elő, megosztják őket mindenki által elérhető szervereken is.
Forrás: https://foldingathome.org/2020/03/10/covid19-update/
Letöltés: https://foldingathome.org/start-folding/
Repository: https://github.com/FoldingAtHome/coronavirus